Знамя ФСИН России и знамена ее территориальных органов учреждены Указом Президента Российской Федерации от 14 июня 2010 года с целью упорядочения официальных символов федеральных органов исполнительной власти, сохранения и развития исторических традиций в области геральдики, повышения ответственности сотрудников уголовно-исполнительной системы за выполнения служебного долга.